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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agroenergia. Para informações adicionais entre em contato com cnpae.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
01/11/2022 |
Data da última atualização: |
29/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SALGADO, F. F.; SILVA, T. L. C. da; VIEIRA, L. R.; SILVA, V. N. B.; LEAO, A. P.; COSTA, M. M. do C.; TOGAWA, R. C.; SOUSA, C. A. F. de; GRYNBERG, P.; SOUZA JUNIOR, M. T. |
Afiliação: |
FERNANDA FERREIRA SALGADO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS; THALLITON LUIZ CARVALHO DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS; LETÍCIA RIOS VIEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS; VIVIANNY NAYSE BELO SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS; ANDRE PEREIRA LEAO, CNPAE; MARCOS MOTA DO CARMO COSTA, Cenargen; ROBERTO COITI TOGAWA, Cenargen; CARLOS ANTONIO FERREIRA DE SOUSA, CPAMN; PRISCILA GRYNBERG, Cenargen; MANOEL TEIXEIRA SOUZA JUNIOR, CNPAE. |
Título: |
The early response of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plants to water deprivation: Expression analysis of miRNAs and their putative target genes, and similarities with the response to salinity stress. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, n. 13, 970113, 2022. |
DOI: |
10.3389/fpls.2022.970113 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is a oilseed crop of great economic importance drastically affected by abiotic stresses. MicroRNAs (miRNAs) play crucial roles in transcription and post-transcription regulation of gene expression, being essential molecules in the response of plants to abiotic stress. To better understand the molecular mechanisms behind the response of young oil palm plants to drought stress, this study reports on the prediction and characterization of miRNAs and their putative target genes in the apical leaf of plants subjected to 14 days of water deprivation. Then, the data from this study were compared to the data from a similar study that focused on salinity stress. Both, the drought-and salt-responsive miRNAs and their putative target genes underwent correlation analysis to identify similarities and dissimilarities among them. Among the 81 identified miRNAs, 29 are specific for oil palm, including two (egu-miR28ds and egu-miR29ds) new ones ? described for the first time. As for the expression profile, 62 miRNAs were significantly differentially expressed under drought stress, being five up-regulated (miR396e, miR159b, miR529b, egu-miR19sds, and egu-miR29ds) and 57 down-regulated. Transcription factors, such as MYBs, HOXs, and NF-Ys, were predicted as putative miRNA-target genes in oil palm under water deprivation; making them the most predominant group of such genes. Finally, the correlation analysis study revealed a group of putative target genes with similar behavior under salt and drought stresses. Those genes that are upregulated by these two abiotic stresses encode lncRNAs and proteins linked to stress tolerance, stress memory, modulation of ROS signaling, and defense response regulation to abiotic and biotic stresses. In summary, this study provides molecular evidence for the possible involvement of miRNAs in the drought stress response in oil palm. Besides, it shows that, at the molecular level, there are many similarities in the response of young oil palm plants to these two abiotic stresses. MenosOil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is a oilseed crop of great economic importance drastically affected by abiotic stresses. MicroRNAs (miRNAs) play crucial roles in transcription and post-transcription regulation of gene expression, being essential molecules in the response of plants to abiotic stress. To better understand the molecular mechanisms behind the response of young oil palm plants to drought stress, this study reports on the prediction and characterization of miRNAs and their putative target genes in the apical leaf of plants subjected to 14 days of water deprivation. Then, the data from this study were compared to the data from a similar study that focused on salinity stress. Both, the drought-and salt-responsive miRNAs and their putative target genes underwent correlation analysis to identify similarities and dissimilarities among them. Among the 81 identified miRNAs, 29 are specific for oil palm, including two (egu-miR28ds and egu-miR29ds) new ones ? described for the first time. As for the expression profile, 62 miRNAs were significantly differentially expressed under drought stress, being five up-regulated (miR396e, miR159b, miR529b, egu-miR19sds, and egu-miR29ds) and 57 down-regulated. Transcription factors, such as MYBs, HOXs, and NF-Ys, were predicted as putative miRNA-target genes in oil palm under water deprivation; making them the most predominant group of such genes. Finally, the correlation analysis study revealed a group of putative target genes with... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
LncRNA. |
Thesaurus Nal: |
Abiotic stress; Non-coding RNA; Transcription factors; Transcriptome. |
Categoria do assunto: |
-- X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 03046naa a2200301 a 4500 001 2147993 005 2022-11-29 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3389/fpls.2022.970113$2DOI 100 1 $aSALGADO, F. F. 245 $aThe early response of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plants to water deprivation$bExpression analysis of miRNAs and their putative target genes, and similarities with the response to salinity stress.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aOil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is a oilseed crop of great economic importance drastically affected by abiotic stresses. MicroRNAs (miRNAs) play crucial roles in transcription and post-transcription regulation of gene expression, being essential molecules in the response of plants to abiotic stress. To better understand the molecular mechanisms behind the response of young oil palm plants to drought stress, this study reports on the prediction and characterization of miRNAs and their putative target genes in the apical leaf of plants subjected to 14 days of water deprivation. Then, the data from this study were compared to the data from a similar study that focused on salinity stress. Both, the drought-and salt-responsive miRNAs and their putative target genes underwent correlation analysis to identify similarities and dissimilarities among them. Among the 81 identified miRNAs, 29 are specific for oil palm, including two (egu-miR28ds and egu-miR29ds) new ones ? described for the first time. As for the expression profile, 62 miRNAs were significantly differentially expressed under drought stress, being five up-regulated (miR396e, miR159b, miR529b, egu-miR19sds, and egu-miR29ds) and 57 down-regulated. Transcription factors, such as MYBs, HOXs, and NF-Ys, were predicted as putative miRNA-target genes in oil palm under water deprivation; making them the most predominant group of such genes. Finally, the correlation analysis study revealed a group of putative target genes with similar behavior under salt and drought stresses. Those genes that are upregulated by these two abiotic stresses encode lncRNAs and proteins linked to stress tolerance, stress memory, modulation of ROS signaling, and defense response regulation to abiotic and biotic stresses. In summary, this study provides molecular evidence for the possible involvement of miRNAs in the drought stress response in oil palm. Besides, it shows that, at the molecular level, there are many similarities in the response of young oil palm plants to these two abiotic stresses. 650 $aAbiotic stress 650 $aNon-coding RNA 650 $aTranscription factors 650 $aTranscriptome 653 $aLncRNA 700 1 $aSILVA, T. L. C. da 700 1 $aVIEIRA, L. R. 700 1 $aSILVA, V. N. B. 700 1 $aLEAO, A. P. 700 1 $aCOSTA, M. M. do C. 700 1 $aTOGAWA, R. C. 700 1 $aSOUSA, C. A. F. de 700 1 $aGRYNBERG, P. 700 1 $aSOUZA JUNIOR, M. T. 773 $tFrontiers in Plant Science$gn. 13, 970113, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
10/01/2020 |
Data da última atualização: |
28/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
CUSTODIO, D. de O.; PINTO, D. M.; VICTORIA, D. de C.; DRUCKER, D. P.; FIDALGO, E. C. C.; DOMPIERI, M. H. G.; SIMÕES, M. |
Afiliação: |
DAVI DE OLIVEIRA CUSTODIO, CNPM; DANIELA MACIEL PINTO, CNPM; DANIEL DE CASTRO VICTORIA, CNPTIA; DEBORA PIGNATARI DRUCKER, CNPTIA; ELAINE CRISTINA CARDOSO FIDALGO, CNPS; MARCIA HELENA GALINA DOMPIERI, CNPM; MARGARETH GONCALVES SIMOES, CNPS. |
Título: |
O uso de ferramentas open source para compor uma IDE (Infraestrutura de Dados Espaciais) na Embrapa. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE INFRAESTRUTURA DE DADOS ESPACIAIS, 1., 2018 2018, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: IBGE, 2018. |
Páginas: |
p. 47-48. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
SBIDE 2018. |
Conteúdo: |
A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) é referência em pesquisa agropecuária no Brasil e no mundo. Ao longo de 45 anos, seus projetos de pesquisa e inovação tem demandado e gerado uma massiva base de informações geoespaciais. Os desafios inerentes à gestão dessas bases estão relacionados não somente ao volume, mas também à velocidade com que os dados transitam pelos diversos sistemas e à heterogeneidade dos formatos e tipos de informações, dotadas do atributo espacial (latitude e longitude no sistema geodésico) A Infraestrutura Nacional de Dados Espaciais (INDE), instituída no Brasil através do Decreto n. 6.666/08, impulsionou a Embrapa a encontrar ferramentas e soluções de Tecnologia da Informação (TI) que pudessem viabilizar a organização e publicação das referidas bases de informações geoespaciais. Um projeto piloto que incluiu pontos focais de 12 das 42 Unidades da empresa, foi responsável por definir, testar, adaptar e implantar um conjunto de ferramentas de código aberto para compor a Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa (IDE-Embrapa), intitulada de ?GeoInfo - Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa?. Essa implementação considerou inúmeras soluções Open Source, tendo em vista não somente as diretrizes estabelecidas pela INDE, mas também o contexto institucional da Embrapa. Por se tratar de uma empresa com unidades descentralizadas que apresentam distintas culturas organizacionais quanto aos aspectos de produção, organização, armazenamento, recursos computacionais, preservação e compartilhamento de dados espaciais, torna-se necessária uma maior flexibilidade e robustez tecnológica para uma IDE. Fez-se necessário estruturar uma arquitetura tecnológica que permitisse acolher diferentes realidades em termos de infraestrutura disponível, bem como de demandas para uso e disponibilização da geoinformação. Criou-se uma ?nuvem? de servidores virtuais, com áreas de gestão exclusivas para cada unidade, centralizando e otimizando a manutenção do ambiente computacional de hardware e software. Outra opção adotada foi a implantação local da infraestrutura, garantindo que demandas específicas, como por exemplo o upload de grande quantidade de dados de imagens de satélite (rasters), acontecessem localmente, ao invés de trafega-las pela Internet. Customizado a partir do GeoNode (geonode.org), o GeoInfo é composto por um banco de dados espacial (PostGIS), servidores de mapas (Geoserver) e de metadados (PyCSW), permitindo a inserção de dados geoespaciais e sua descrição, por meio do formulário de metadados, de acordo com as especificações do padrão ISO 19115:2003. O conjunto de ferramentas adotado assegura a gestão e intercâmbio de dados e metadados espaciais no GeoInfo em consonância com os padrões estabelecidos pela OGC < http://www.opengeospatial.org/> e pela Inde. A plataforma GeoInfo está em uso desde 2015 por 12 Unidades da Embrapa e em abril de 2018 foi lançada à sociedade através do endereço: , onde estão centralizados os dados espaciais gerados pelas 12 Unidades e descritos de acordo com as diretrizes estabelecidas pela INDE. Para sua recuperação, foi implementado um agregador de metadados com a ferramenta GeoNetwork, que também faz a ligação do GeoInfo com a INDE. A arquitetura e os esforços de TI empreendidos na construção do GeoInfo atendem a todas as especificidades e orientações apresentadas no Decreto Lei 6.666/08 e no Plano de ação para implantação da Infraestrutura Nacional de Dados Espaciais (BRASIL, 2010). MenosA Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) é referência em pesquisa agropecuária no Brasil e no mundo. Ao longo de 45 anos, seus projetos de pesquisa e inovação tem demandado e gerado uma massiva base de informações geoespaciais. Os desafios inerentes à gestão dessas bases estão relacionados não somente ao volume, mas também à velocidade com que os dados transitam pelos diversos sistemas e à heterogeneidade dos formatos e tipos de informações, dotadas do atributo espacial (latitude e longitude no sistema geodésico) A Infraestrutura Nacional de Dados Espaciais (INDE), instituída no Brasil através do Decreto n. 6.666/08, impulsionou a Embrapa a encontrar ferramentas e soluções de Tecnologia da Informação (TI) que pudessem viabilizar a organização e publicação das referidas bases de informações geoespaciais. Um projeto piloto que incluiu pontos focais de 12 das 42 Unidades da empresa, foi responsável por definir, testar, adaptar e implantar um conjunto de ferramentas de código aberto para compor a Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa (IDE-Embrapa), intitulada de ?GeoInfo - Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa?. Essa implementação considerou inúmeras soluções Open Source, tendo em vista não somente as diretrizes estabelecidas pela INDE, mas também o contexto institucional da Embrapa. Por se tratar de uma empresa com unidades descentralizadas que apresentam distintas culturas organizacionais quanto aos aspectos de produção, organização, armazenamento,... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Dados espaciais; Geoinfo; Geonetwork; Geonode. |
Thesaurus NAL: |
Spatial data. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 04473nam a2200265 a 4500 001 2118539 005 2020-01-28 008 2018 bl uuuu u01u1 u #d 100 1 $aCUSTODIO, D. de O. 245 $aO uso de ferramentas open source para compor uma IDE (Infraestrutura de Dados Espaciais) na Embrapa.$h[electronic resource] 260 $aIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE INFRAESTRUTURA DE DADOS ESPACIAIS, 1., 2018 2018, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: IBGE$c2018 300 $ap. 47-48. 500 $aSBIDE 2018. 520 $aA Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) é referência em pesquisa agropecuária no Brasil e no mundo. Ao longo de 45 anos, seus projetos de pesquisa e inovação tem demandado e gerado uma massiva base de informações geoespaciais. Os desafios inerentes à gestão dessas bases estão relacionados não somente ao volume, mas também à velocidade com que os dados transitam pelos diversos sistemas e à heterogeneidade dos formatos e tipos de informações, dotadas do atributo espacial (latitude e longitude no sistema geodésico) A Infraestrutura Nacional de Dados Espaciais (INDE), instituída no Brasil através do Decreto n. 6.666/08, impulsionou a Embrapa a encontrar ferramentas e soluções de Tecnologia da Informação (TI) que pudessem viabilizar a organização e publicação das referidas bases de informações geoespaciais. Um projeto piloto que incluiu pontos focais de 12 das 42 Unidades da empresa, foi responsável por definir, testar, adaptar e implantar um conjunto de ferramentas de código aberto para compor a Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa (IDE-Embrapa), intitulada de ?GeoInfo - Infraestrutura de Dados Espaciais da Embrapa?. Essa implementação considerou inúmeras soluções Open Source, tendo em vista não somente as diretrizes estabelecidas pela INDE, mas também o contexto institucional da Embrapa. Por se tratar de uma empresa com unidades descentralizadas que apresentam distintas culturas organizacionais quanto aos aspectos de produção, organização, armazenamento, recursos computacionais, preservação e compartilhamento de dados espaciais, torna-se necessária uma maior flexibilidade e robustez tecnológica para uma IDE. Fez-se necessário estruturar uma arquitetura tecnológica que permitisse acolher diferentes realidades em termos de infraestrutura disponível, bem como de demandas para uso e disponibilização da geoinformação. Criou-se uma ?nuvem? de servidores virtuais, com áreas de gestão exclusivas para cada unidade, centralizando e otimizando a manutenção do ambiente computacional de hardware e software. Outra opção adotada foi a implantação local da infraestrutura, garantindo que demandas específicas, como por exemplo o upload de grande quantidade de dados de imagens de satélite (rasters), acontecessem localmente, ao invés de trafega-las pela Internet. Customizado a partir do GeoNode (geonode.org), o GeoInfo é composto por um banco de dados espacial (PostGIS), servidores de mapas (Geoserver) e de metadados (PyCSW), permitindo a inserção de dados geoespaciais e sua descrição, por meio do formulário de metadados, de acordo com as especificações do padrão ISO 19115:2003. O conjunto de ferramentas adotado assegura a gestão e intercâmbio de dados e metadados espaciais no GeoInfo em consonância com os padrões estabelecidos pela OGC < http://www.opengeospatial.org/> e pela Inde. A plataforma GeoInfo está em uso desde 2015 por 12 Unidades da Embrapa e em abril de 2018 foi lançada à sociedade através do endereço: <embrapa.br/geoinfo >, onde estão centralizados os dados espaciais gerados pelas 12 Unidades e descritos de acordo com as diretrizes estabelecidas pela INDE. Para sua recuperação, foi implementado um agregador de metadados com a ferramenta GeoNetwork, que também faz a ligação do GeoInfo com a INDE. A arquitetura e os esforços de TI empreendidos na construção do GeoInfo atendem a todas as especificidades e orientações apresentadas no Decreto Lei 6.666/08 e no Plano de ação para implantação da Infraestrutura Nacional de Dados Espaciais (BRASIL, 2010). 650 $aSpatial data 653 $aDados espaciais 653 $aGeoinfo 653 $aGeonetwork 653 $aGeonode 700 1 $aPINTO, D. M. 700 1 $aVICTORIA, D. de C. 700 1 $aDRUCKER, D. P. 700 1 $aFIDALGO, E. C. C. 700 1 $aDOMPIERI, M. H. G. 700 1 $aSIMÕES, M.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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